同年九月，青海郭罗克叛乱，年羹尧在正面进攻的同时，又利用当地部落土司之间的各种矛盾，并且辅之以“以番攻番”之策略，迅速的平定了这场叛乱。康熙龙颜大悦，再次下旨嘉奖年羹尧。
次年十一月，康熙招抚远大将军、贝子胤祯回京，命年羹尧与管理抚远大将军印务的延信共同执掌军务。
康熙六十一年农历十一月十三日，康熙帝崩于畅春园，终年六十九岁，庙号圣祖，谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信中和功德大成仁皇帝，葬于景陵，传位于皇四子胤禛。
由于胤礽、胤禩、胤禟、胤俄四位皇子看在年若兰的情分上，皆不曾对康熙传位于胤禛有任何异议，此事虽然令胤禛颇为意外，却也的确为他省去了许多麻烦。
虽然十四阿哥胤祯对此颇为不服，但奈何胤礽、胤禩、胤禟、胤俄皆当众表示支持新帝，胤祯孤掌难鸣，也只能向胤禛低头，当着诸位皇子和大臣的面向胤禛行了跪拜之礼，承认了胤禛的新帝身份。
胤禛登基之后，依旧尊胤礽为理亲王，并且加封八阿哥胤禩为廉亲王，同时，胤禛解除了十三阿哥胤祥的圈禁，将其册封为怡亲王。
胤禛登基之后，仍旧对年羹尧十分重用。雍正元年五月，胤禛发出上谕：“若有调遣军兵、动用粮饷之处，著边防办饷大臣及川陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理。”
这意味着年羹尧将按照胤禛的旨意，总揽西部一切事务，成为胤禛在西陲前线的亲信，权势地位实际上已经在抚远大将军延信和其他总督之上。
与此同时，胤禛还下旨告诫云、贵、川的地方官员皆要秉命于年羹尧。有了胤禛的这道旨意，令年羹尧更加大权在握。
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